Après la défaite du Dr Dirt, sa complice, lady Craven, poursuit son objectif de contrôler chaque biome afin de régner sur l'Overworld. Affaiblie par la puissance de ce nouvel oppresseur, l'armée de Roberto est contrainte de battre en retraite. Passés dans la clandestinité, ses membres n'ont d'autre choix que de commettre vols et raids nocturnes pour survivre et continuer la lutte.