Alors que des torpilles s'échappent du fort Boyard, Jérôme et Emilie veulent résoudre ce mystère et se rendent sur les lieux pour voir leur ami Mathias, le seul habitant. Ce dernier a disparu et le duo enfile sa tenue de plongée pour entrer par le laboratoire sous-marin. Mais ils s'aperçoivent que deux intrus sont déjà présents dans le fort.