La suite des aventures de Shinichi Kudo, un lycéen dont le père est un célèbre auteur de romans policiers. A la suite d'une agression, lors de laquelle un homme en noir lui fait avaler un poison, le jeune homme prend l'apparence d'un enfant de 7 ans. Il décide alors de se faire appeler Conan Edogawa et part à la recherche de ses agresseurs.