L'agent fédéral Ethan Burke reprend connaissance, seul et blessé, dans une rue de Wayward Pines, petite bourgade tranquille de l'Idaho. Partiellement amnésique, il se souvient être à la recherche de deux autres agents mystérieusement disparus dans la région.

Il se rend vite compte qu'il n'a plus ni papiers ni téléphone, et qu'en dépit de ses efforts, il ne parvient à joindre personne du monde extérieur.

Et il y a encore bien d'autres choses qui clochent à Wayward Pines, comme chez ses habitants. Lorsqu'Ethan découvre le cadavre horriblement mutilé de l'un des agents qu'il recherchait, l'étrangeté fait place à une sourde inquiétude. C'est maintenant sûr, un danger mortel rôde à Wayward Pines.