A la suite des thèses exposées dans son premier ouvrage, Aissam Aït-Yahya reprend sa réflexion sur les rouages profonds du processus de sécularisation en Islam. Il revient pour cela sur les raisons pour lesquelles la religion chrétienne a pu donner si facilement naissance à la laïcité. Il voit dans la théologie paulinienne les éléments qui ont permis de détruire la structure fondamentale Foi-Acte-Loi, fragmentation nécessaire à toute sécularisation. A partir de cette nouvelle perspective, il développe de manière originale une analyse comparative, historique et théologique entre Islam et christianisme, révélant l'originalité du système religieux islamique qui verrouille à la base le processus de sécularisation.

Comment alors expliquer que le phénomène de sécularisation existe bel et bien dans le monde musulman ? Ce paradoxe trouve très précisément son explication dans l'irja. Ce courant doctrinal né dans les premiers temps de l'Islam se présente comme une justification religieuse de la laïcité, et s'incarne aujourd'hui tout autant dans le salafisme quiétiste que dans les courants libéraux.

En revenant sur les éléments constitutifs de toute religion, à savoir la structure Foi-Actes-Loi, cette nouvelle théorie sur les origines et les principes de l'irja, prouve que ce courant a une filiation judéo-chrétienne, et que par conséquent la sécularisation laïque demeure une idée fondamentalement chrétienne. Cela même si elle semble interne au monde musulman ou qu'elle se drape de fondamentalisme salafiste.