Shinobu Nabari a l'impression d'être transparente aux yeux de tous, ce qui la fait beaucoup souffrir. Mais un jour, la jeune fille découvre que sa capacité à passer inaperçue inféresse certaines personnes... Elle se retrouve ainsi embarquée dans une lutte opposant l'humanité aux arpenteurs célestes, d'immenses créatures qui vivent cachées dans les plus hautes couches de l'atmosphère terrestre.