Accusé de plusieurs homicides, Peter Parker est emprisonné. Il reçoit l'aide inattendue de son clone, Ben Reilly, qui accepte de prendre sa place le temps que Peter mène l'enquête pour tenter de blanchir son nom. Reilly est convaincu que Kaine, un autre clone du héros qui le harcèle depuis longtemps, est le meurtrier.

Sous le costume de Spider-Man, Peter se lance alors sur les traces de son double difforme, créé par le Chacal.