Abe Portman, un enfant juif polonais, s'est autrefois réfugié pour échapper à la menace nazie dans un orphelinat dirigé par Miss Peregrine Faucon. Là-bas, il a côtoyé des enfants aux capacités surnaturelles. Aujourd'hui, il raconte cette période à son petit-fils Jacob, âgé de 15 ans. Un jour, ce dernier retrouve son grand-père mortellement blessé par une créature qui s'enfuit sous ses yeux.