En 1859, l'impératrice Eugénie, l'épouse de Napoléon III, effectua une excursion vers le sommet de la Rhune qui offre un magnifique panorama à 360° sur la région. Cette initiative suscita un véritable engouement. L'essor touristique qui en a résulté a largement favorisé la création du petit train quelques décennies plus tard. En effet, tout le monde n'avait pas la volonté ou la condition physique pour réaliser à pied l'ascension de la montagne mythique du Pays basque dont le sommet culmine à 900 mètres.

C'est en 1908 qu'est née l'idée de construire un chemin de fer à crémaillère reliant le col de Saint-Ignace au sommet de la Rhune.

Alors que la Grande Guerre se déclarait, la construction de la voie ferrée, qui n'était pas terminée, fut suspendue. Elle ne fut reprise qu'après l'armistice.

L'inauguration du petit train de la Rhune eut lieu en 1924. Depuis sa mise en service, rien n'a changé, dans son aspect comme dans son fonctionnement. La superstructure des voitures est refaite périodiquement dans les mêmes essences d'arbres qu'à l'origine et les mécanismes sont régulièrement révisés. Quant aux locomotives, ce sont toujours les « Brown Boveri » d'origine suisse.

La montée se fait en 35 minutes environ et à une vitesse moyenne de 8 km/h, ce qui laisse le temps d'admirer le paysage, mais aussi la flore et la faune de la Rhune, en particulier les pottoks, les emblématiques petits chevaux semi-sauvages du Pays basque. On peut descendre à bord du petit train ou, pour les plus courageux, emprunter à pied l'un des sentiers balisés de la montagne.