Shinobi Iri s'inspire de faits réels qui se sont déroulés au XVI^e siècle, dans l'archipel nippon, précédant le soulèvement des habitants de la province d'Iga, berceau des Shinobi experts en Ninjutsu.

Tomoe Hattori est une jeune et intrépide Kunoichi (femme ninja) désirant faire ses preuves dans un monde d'hommes. Difficile pour elle de trouver sa place ! Son père, Hanzô, est de plus très protecteur avec elle et lui refuse toute mission dangereuse. C'est ainsi que, accompagnée de son frère Genzô, elle se lancera tête baissée dans une mission qui scellera l'avenir de son clan.

« Le Ninjutsu ne formate pas une personne à un style prédéfini. Chacun doit développer le sien avec ses affinités qui lui sont propres. J'ai trouvé le mien, à toi de trouver le tien ! »