Sam Fisher, l'agent spécial de Troisième Echelon est l'un des hommes les plus dangereux du monde. Même le FBI et la CIA ne connaissent ni son existence, ni les opérations spéciales qu'on lui demande de mener à bien. Ce Splinter Cell est souvent le seul homme à pouvoir sauver son pays.

Mais, désormais, Sam Fisher est considéré comme un traître. Depuis que plusieurs missions désastreuses ont décimé les rangs des Splinter Cells, sa hiérarchie l'a condamné sans procès. Ses anciens équipiers le traquent sans relâche et Sam est obligé d'employer toutes ses stratégies et ses moyens pour découvrir la vérité. Le véritable traître, tapi dans l'ombre, n'attend qu'un faux pas pour le mettre hors-jeu...